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艾瑞深中国校友会网正式发布《2016中国大学评价研究报告》，报告最新公布了2016中国大学排行榜100强，北京大连续9年蝉联冠军。云南大学入选百强，位列59位，这也是云南唯一一所入选百强的高校。
云南大学总分65.11分，位列暨南大学之后，超越中国政法大学、上海财经大学等院校，被评定为4星级，评为以区域研究型著称的“中国高水平大学”。而在办学类型为区域研究型的15所高校中，云南大学位列西北大学、西南大学和暨南大学之后，总分超过郑州大学、苏州大学、湖南师范大学、上海大学等12所高校。
这是艾瑞深中国校友会网大学研究团队连续第14年发布中国大学排行榜，云南大学是2016年唯一入选百强的高校，而在另一份教育部发布的全国高校专业十强排行榜中，云南有4所高校上榜。
2015年11月5日，国务院发布《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》，实现高等教育强国。11月7日，教育部学位与研究生教育发展中心公布“最新全国高校学科评估结果”，分别评选出人文社科类、理学、管理学各个学科门类的十强高校。
在该榜单中，云南大学政治学位列第十、生态学列第六，昆明理工大学矿业工程列第八，云南农业大学植物保护列第九，西南林业大学林业工程列第五。
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